柱壓力可分為：減壓、加壓、常壓。減壓柱能夠減少固定相硅膠的使用量，缺點有：
1.大量的空氣通過硅膠會使溶劑揮發(有時在固相萃取柱外面有水汽凝結)；
2.可能會造成易分解物質的損失；
3.抽氣泵的使用，會延長過柱萃取時間，增加噪音。固相萃取柱加壓是一種較好的使用方式，特別適用于易分解樣品的分離。
加壓可以增加淋洗劑的流動速度，減少產品收集時間，缺點是：
1.減低柱子的塔板數；
2.壓力過大，溶劑流速過快減低分離效果，所以柱加壓在普通的有機化合物的分離中較適用。其他條件相同時，常壓柱效率高，但耗時，比如天然化合物的分離。
二、 固相萃取柱的尺寸選擇
理想的沃特世固相萃取柱類型應該是內徑和長度均較大。柱長加大，相應的塔板數則高，柱內徑較大，進樣后樣品的原點則小(反映在柱子上就是樣品層較薄)，分離度變大。缺點是采用內徑較大的萃取柱需較多的硅膠和溶劑，增加實驗成本。現在常用萃取柱直徑與長度比一般在1∶5～1∶10，固定相硅膠量是樣品量的30～40倍。萃取柱較短內徑較小，相應的塔板數則低，進樣后樣品的原點則大(反映在柱子上就是樣品層較厚，樣品層在固相萃取柱內小于0.5cm，各組分較容易分離)，分離度變小。
沃特世固相萃取柱如果所需組分和雜質分離度較大(所需組分分離度R>1)，使用硅膠較少、內徑較小的萃取柱(例如200毫克的樣品，用2cm×20cm的柱子)；如果所需組和雜質分離度較小(所需 組分分離度R<1)，可以加大萃取柱內徑，也可使用極性較小的淋洗劑等。
